Theo chỉ đạo của Bộ Y tế, Đoàn công tác của Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn đã phối hợp với Viện Pasteur Nha Trang, Viện Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên triển khai phòng chống dịch sốt xuất huyết tại một số điểm nóng trên địa bàn khu vực miền Trung-Tây Nguyên; trong đó tỉnh Kon Tum đã cơ bản khống chế được dịnh sốt xuất huyết.
Năm 2009 tình hình sốt rét khu vực miền Trung-Tây nguyên diễn biến phức tạp theo chiều hướng gia tăng, việc thực hiện các mục tiêu của Chương trình phòng chống sốt rét quốc gia khó đạt được các chỉ tiêu giảm mắc sốt rét, giảm chết do sốt rét và có nguy cơ xảy dịch sốt rét vào các tháng cuối năm.
Thực hiện công văn chỉ đạo của Chương trình quốc gia phòng chống sốt rét, Viện sốt rét-KST-CT Hà Nội và Viện Sốt rét-KST-CT Quy Nhơn, Trung tâm phòng chống sốt rét-KST-CT tỉnh Kon Tum, đã có công văn chỉ đạo các huyện, thành phố trong tỉnh, tổ chức ngày thế giới phòng chống sốt rét và ra quân triển khai các biện pháp phòng chống sốt rét 6 tháng đầu năm 2010,