Phú Yên là một trong những tỉnh duyên hải miền Trung có tìnhhình sốt rét tương đối ổn định từ nhiều năm nay, tuy nhiên nguy cơ sốt rét còn cao đặc biệt là ở các huyện miền núi Đồng Xuân, Sơn Hòa và Sông Hinh.
Bệnh sán lá gan nhỏđã được phát hiện ở 7 tỉnh trong khu vực miền Trung-Tây Nguyên bao gồm: Phú Yên, Bình Định, Quảng Ngãi, Quảng Nam, Kon Tum , Đak Lak, Đak Nong;