Tổ chức bộ máy Viện Sốt rét - Ký sinh trùng – Côn trùng Quy Nhơn (Ban hành kèm theo Quyết định số 4840/QĐ-BYT ngày 17 tháng 10 năm 2019 của Bộ trưởng Bộ Y tế)có 13 khoa, phòng và đơn vị trực thuộc (6 khoa chuyên môn, 5 phòng chức năng và 2 đơn vị trực thuộc); Tổng số cán bộ viên chức và hợp đồng hiện có của Viện tính đến 31/12/2019 là 215 CBVC, trong đó Cán bộ viên chức sau đại học là 56 người trong đó có 02 PGS, 05 TS, 01 BSCKII, 02 BSCKI, 01 DSCKI, 51 Thạc sỹ, 83 Đại học, còn lại là trung cấp và nhân viên hợp đồng khác. Tổng số viên chức, người lao động hưởng lương theo chức danh nghề nghiệp viên chức chuyên ngành KH&CN là 61 CBVC trong đó02 hạng I, 10 hạng II, 39 hạng III, 10 hạng IV.

Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Quy Nhơn là Viện khu vực, là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ y tế, được thành lập theo Quyết định 259/BYT/QĐ, ngày 8/3/1977 của Bộ trưởng Bộ Y tế và được khẳng định lại tại Quyết định số 246/QĐ-TTg ngày 12 tháng 02 năm 2014 của Thủ tướng Chính phủ. Viện có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật, có trụ sở làm việc đặt tại thành phố Quy Nhơn, tỉnh Bình Định.

Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn là đơn vị sự nghiệp thuộc Bộ Y tế, có tiền thân từ Trạm nghiên cứu sốt rét Trung Trung bộ (1968), Phân viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn (1977), Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn (1998).

Viện có 13 khoa, phòng và đơn vị trực thuộc (6 khoa chuyên môn, 5 phòng chức năng và 2 đơn vị trực thuộc); Đảng bộ Viện có 5 chi bộ trực thuộc và 53 đảng viên; Công đoàn Viện có 138 đoàn viên và 14 tổ công đoàn trực thuộc; Đoàn TNCS Hồ Chí Minh có 5 chi đoàn trực thuộc (1 chi đoàn cán bộ và 4 chi đoàn học sinh trung cấp kỹ thuật viên xét nghiệm) và 216 đoàn viên; Hội đồng Y đức, Hội đồng Khoa học công nghệ.

Viện Sốt rét - Ký sinh trùng -Côn trùng Quy Nhơn có chức năng nghiên cứu khoa học, chỉ đạo chuyên môn kỹ thuật và biện pháp phòng chống, đào tạo và đào tạo lại cho cán bộ chuyên ngành các bệnh sốt rét, ký sinh trùng và côn trùng truyền bệnh cho người trong phạm vi 15 tỉnh miền Trung-Tây Nguyên.