Đội Nghiên cứu Sốt rét Khánh Phú (tỉnh Khánh Hòa) là điểm Nghiên cứu phối hợp gữa 3 đơn vị: Viện sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Trung ương, Viện sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn và Trung tâm Phòng chống sốt rét tỉnh Khánh Hòa với sự tài trợ của Ủy ban hợp tác Y tế Việt Nam-Hà Lan (MCNV). Trải qua nhiều giai đoạn hoạt động với các mục tiêu khác nhau, Dự án đã đưa ra được bức tranh toàn cảnh về tình hình dịch tễ học sốt rét và diễn biến véc tơ truyền bệnh sốt rét trong quá trình phòng chống sốt rét ở một vùng sốt rét lưu hành nặng có nhiều khó khăn kỹ thuật như ký sinh trùng sốt rét kháng thuốc, muỗi kháng hóa chất và hoạt động ngoài nhà; giải quyết được nhiều vấn đề khó khăn trong nghiên cứu sốt rét rừng và biện pháp phòng chống sốt rét cho các nhóm dân đi rừng, ngủ rẫy; đồng thời ứng dụng nhiều nghiên cứu khoa học cơ bản khác.
Kết quả nghiên cứu chỉ số nhiễm mới ký sinh trùng sốt rét tại Khánh Phú trong năm 2007 cho thấy tình hình sốt rét tuy vẫn ở mức độ thấp, song mức trầm trọng của các ca bệnh lại có xu hướng tăng lên, chứng tỏ nguy cơ sốt rét còn cao, nhất là với ca sốt rét có biến chứng; đỉnh lan truyền bệnh từ tháng 3-5, là thời điểm mùa vụ của các nhóm dân thường xuyên đi rừng, ngủ rẫy. Kết quả giám sát véc tơ truyền bệnh chính An. dirus cho thấy kích cỡ quần thể chung không có sự thay đổi so với trước kia nhưng mật độ của chúng trong thôn buôn rất thấp; tuy nhiên mức nhiễm KSTSR của muỗi bắt được trong rừng rẫy vẫn cao, trong khi tỷ lệ KSTSR giảm thấp trong cộng đồng cho thấy sự lan truyền bệnh vẫn nguy hiểm, thậm chí có khả năng bùng phát dịch sốt rét nếu không có sự kiểm soát chặt chẽ véc tơ cũng như mầm bệnh sốt rét.
Năm 2006, tình hình sốt rét Khánh Phú cũng như khu vực miền Trung-Tây Nguyên có xu hướng giảm thấp, sự nhiễm bệnh sốt rét chủ yếu ở các đối tượng đi rừng, ngủ rẫy hoặc giao lưu vào vùng sốt rét lưu hành. Chính vì vậy, từ năm 2007 Dự án Nghiên cứu sốt rét Khánh Phú chỉ tập trung vào các nghiên cứu mục tiêu như nghiên cứu sốt rét rừng và biện pháp phòng chống, thử nghiệm tấm đắp tẩm hóa chất chống muỗi đốt, giám sát dịch tễ và giám sát véc tơ truyền bệnh sốt rét; đồng thời với việc bàn giao các hoạt động phòng chống sốt rét trong khu vực nghiên cứu về cho y tế cơ sở nhằm giúp mạng lưới này phát huy có hiệu quả phát hiện, điều trị các ca mắc mới và chủ động kiểm soát sốt rét tại địa phương.