Ngày 18/9/2009, Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Quốc Triệu đã ký Quyết định số 3462/QĐ-BYTvề việc phê duyệt Đề án kiện toàn tổ chức và hoạt động của Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn thực hiện Nghị định số 115/2005/NĐ-CP của Chính phủ, kèm theo toàn bộ văn kiện đề án.
Theo chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ, Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn là một trong 11 đơn vị trực thuộc Bộ Y tế phải hoàn thành Đề án 115 về kiện toàn tổ chức và hoạt động của tổ chức và hoạt động khoa học và công nghệ công lập trong năm 2009.
Trên cơ sở nội dung Biên bản cuộc họp xem xét Đề án kiện toàn của Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn để thực hiện theo Nghị định 115/2005/NĐ-CP của Hội đồng thẩm định Bộ Y tế do PGS.TS. Nguyễn Thị Kim Tiến-Thứ trưởng Bộ Y tế chủ trì ngày 24/12/2008; Viện đã sửa chữa lại bản “Đề án kiện toàn tổ chức và hoạt động của Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn thực hiện Nghị định số 115/NĐ-CP của Chính phủ” theo ý kiến đóng góp của Hội đồng thẩm định Bộ Y tế và hướng dẫn của Bộ Khoa học & Công nghệ để trình Bộ trưởng Bộ Y tế phê duyệt vào Quý III năm 2009.
Theo Quyết định của Bộ trưởng, Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn, trực thuộc Bộ Y tế được phân loại là tổ chức nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu chiến lược, chính sách phục vụ quản lý nhà nước được ngân sách nhà nước đảm bảo kinh phí hoạt động thường xuyên theo nhiệm vụ được giao; được sắp xếp lại, củng cố và ổn định tổ chức để nâng cao hiệu quả hoạt động theo khoản 3, điều 4 của Nghị định số 115/NĐ-CP ngày 05/9/2005 của Chính phủ. Viện trưởng Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn, trực thuộc Bộ Y tế có trách nhiệm tổ chức triển khai thực hiện Đề án kiện toàn tổ chức và hoạt động của Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn đã được phê duyệt theo đúng các quy định của pháp luật hiện hành. Quyết định này có hiệu lực từ ngày ký ban hành tức là ngày 18/9/2009 và được chuyển cho Chánh Văn phòng Bộ, Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ trưởng Vụ Kế hoạch-Tài chính, Vụ trưởng Vụ Khoa học và đào tạo, Cục trưởng Cục Y tế dự phòng và môi trường, Viện trưởng Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn, Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị có liên quan thi hành Quyết định này.
Nội dung bản Đề án kèm theo Quyết định của Bộ Y tế bao gồm 4 phần: phần chung (tên tổ chức, địa chỉ, cơ quan chủ quản, cơ quan quyết định và thời gian thành lập), sự cần thiết phải kiện toàn tổ chức và hoạt động của Viện (các chủ trương chính sách của Nhà nước về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm, cơ sở pháp lý và thực trạng tổ chức và hoạt động của Viện), phương án kiện toàn tổ chức và hoạt động (dự kiến chức năng, nhiệm vụ; các chức năng nhiệm vụ theo quy chế cũ cần sửa đổi, bổ sung và mở rộng; xác định ngành nghề, lĩnh vực đăng ký kinh doanh; định hướng hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, sản xuất dịch vụ; dự kiến cơ cấu tổ chức, hình thức chuyển đổi tổ chức hoạt động; xác định tên gọi, chức năng nhiệm vụ, mô hình tổ chức của các khoa phòng, các trung tâm, các tổ chức và các bộ phận trực thuộc Viện; dự kiến thay đổi về biên chế, cơ cấu nhân lực, phương án giải quyết nhân lực sau khi sắp xếp lại tổ chức; xác định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tổ chức, biên chế; dự kiến xin giao tài sản, danh mục tài sản đề nghị thanh lý, danh mục tài sản được giao, phương án sử dụng tài sản; dự kiến kinh phí; các bước tiến hành, nội dung và thời gian thực hiện, kiến nghị (kiến nghị đối với Bộ Y tế và các cơ quan nhà nước có thẩm quyền, kiến nghị đối với các cơ quan quản lý nhà nước khác).
Trước khi thực hiện Nghị định 115, Viện đã thực hiện Nghị định 43/NĐ-CP của Chính phủ về quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm của đơn vị sự nghiệp y tế công lập nên đã tích lũy được một số kinh nghiệm khi chuyển đổi cơ chế hoạt động. Để thực hiện tốt “Đề án kiện toàn tổ chức và hoạt động của Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn thực hiện Nghị định số 115/NĐ-CP của Chính phủ”, Viện đã kiến nghị với Bộ Y tế và các cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao tài sản, trang thiết bị cho Viện và cho phép thanh lý hoặc chuyển nhượng tài sản không còn giá trị sử dụng hoặc không có nhu cầu sử dụng; giao thực hiện các đề tài, dự án nghiên cứu khoa học cấp Nhà nước, cấp Bộ và các đề tài, dự án hợp tác quốc tế về các lĩnhvực sức khỏe môi trường, dịch tễ học, kiểm soát véc tơ, nghiên cứu lâm sàng-điều trị các bệnh ký sinh trùng và bệnh nhiệt đới, miễn dịch-sinh học phân tử trong phạm vi chuyên ngành và các đề tài/dự án khác. Cấp ổn định số lượng kinh phí thường xuyên trong 3 năm và duy trì cấp kinh phí bảo đảm cho hoạt động thường xuyên của Viện với mức tăng hàng năm từ 15-20%; bổ sung kinh phí ngoài hạng mức mua trang thiết bị và tài sản bảo đảm cho các hoạt động nghiên cứu khoa học của Viện. Tiếp tục thực hiện các dự án về đầu tư xây dựng mở rộng Viện; dự án xây dựng, sửa chữa và mua sắm tài sản lớn đã được Bộ Y tế phê duyệt. Viện cũng kiến nghị với Bộ Y tế, Bộ Khoa học & Công nghệ và các bộ ngành liên quan hỗ trợ Viện tháo gỡ những khó khăn vướng mắc trong quá trình thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tổ chức, biên chế, tài chính theo Đề án kiện toàn tổ chức và hoạt động của Viện; có chính sách ưu đãi, khuyến khích cán bộ làm việc trong lĩnh vực y tế dự phòng.
Trên cơ sở Quyết định của Bộ Y tế phê duyệt, từ nay đến cuối năm 2009 Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn sẽ tổ chức quán triệt, phổ biến cho cán bộ viên chức hiểu rõ nội dung đề án; xây dựng kế hoạch thực hiện cụ thể và các văn bản điều hành của Viện (quy chế dân chủ, quy chế làm việc, quy chế chi tiêu nội bộ, quy chế tuyển dụng và hợp đồng và các văn bản quy định khác) phù hợp với yêu cầu của tổ chức khoa học và công nghệ. Tổ chức đánh giá cán bộ viên chức Viện theo hướng dẫn của Bộ Y tế, xây dựng đề án Nghị định 132/NĐ-CP của Chính phủ tinh giảm biên chế; tuyển chọn cán bộ nghiên cứu, chuyên môn kỹ thuật có đủ năng lực và hiệu quả hoạt động theo cơcấu cán bộ và chỉ tiêu biên chế đã đề ra.
Sau các bước chuẩn bị, từ tháng 1/2010 Viện sẽ chính thức chuyển đổi hoạt động và tổ chức triển khai thực hiện các nội dung đề án đã được Bộ Y tế phê duyệt; báo cáo kết quả thực hiện hàng tháng, hàng quý và đề xuất các vấn đề phát sinh trong quá trình thực hiện với Bộ Y tế để xin ý kiến chỉ đạo và giải quyết. Cuối năm 2010, Viện sẽ tổ chức tổng kết đánh giá, rút kinh nghiệm kết quả thực hiện đề án và đề ra phương hướng thực hiện đề án trong các năm tiếp theo.
Thực hiện “Đề án kiện toàn tổ chức và hoạt động của Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn thực hiện Nghị định số 115/NĐ-CP của Chính phủ” sẽ tạo cho Viện có nhiều cơ hội thuận lợi hòa nhập với xu thế phát triển chung của khoa học & công nghệ hiện nay, nhưng cũng đặt ra không ít khó khăn, thách thức khi chuyển đổi cơ chế hoạt động. Tuy nhiên với sự quyết tâm cao của Ban Lãnh đạo cùng tập thể cán bộ viên chức, Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn sẽ thực hiện tốt đề án 115 để tạo đà phát triển Viện ngang tầm với các Viện quốc gia và quốc tế, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ Bộ Y tế giao ở khu vực trọng điểm bệnh sốt rét, ký sinh trùng và các bệnh nhiệt đới do véc tơ truyền ở miền Trung-Tây Nguyên.