Để tổ chức kiểm tra việc thực hiện Nghị quyết Hội nghị lần thứ 3 Ban chấp hành Trung ương Đảng (Khóa X) về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác phòng chống tham nhũng, lãng phí; Bộ Y tế đã thành lập Ban chỉ đạo phòng chống tham nhũng do Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Quốc Triệu làm Trưởng ban và phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên trong Ban chỉ đạo là các đồng chí Thứ trưởng, Chánh Thanh tra, Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ trưởng Vụ kế hoạch-tài chính, Vụ trưởng Vụ Pháp chế, Vụ trưởng Vụ Khoa học-đào tạo và Chánh văn phòng Bộ Y tế.
Theo Quy chế Tổ chức và hoạt động, Ban chỉ đạo có các nhiệm vụ chỉ đạo, đôn đốc các đơn vị trực thuộc Bộ Y tế công tác triển khai thực hiện các quy định của luật phòng chống tham nhũng về công khai, minh bạch; xây dựng và thực hiện các chế độ, định mức, tiêu chuẩn; thực hiện quy tắc ứng xử, đạo đức nghề nghiệp, chuyển đổi vị trí công tác của cán bộ, công chức, viên chức; trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan, tổ chức, đơn vị khi để xảy ra tham nhũng. Phối hợp với các cơ quan kiểm tra, thanh tra, kiểm toán, điều tra, kiểm sát, tòa án nhằm tăng cường hiệu lực và hiệu quả công tác đấu tranh chống tham nhũng, góp phần bảo đảm cho công tác này thực hiện theo đúng quy định của pháp luật. Chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc các đơn vị thuộc ngành y tế trong việc xử lý khiếu nại, tố cáo về hành vi tham nhũng do các phương tiện thông tin đại chúng phát hiện, cung cấp, đưa tin. Tham mưu, đề xuất với các cơ quan, tổ chức, đơn vị và người có thẩm quyền trong việc đổi mới, hoàn thiện cơ chế, chính sách, pháp luật về phòng chống tham nhũng. Xây dựng chương trình, kế hoạch công tác phòng chống tham nhũng trong từng thời gian và lĩnh vực thường xảy ra tham nhũng; kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện chương trình, kế hoạch và chủ trì sơ kết, tổng kết đánh giá về công tác phòng chống tham nhũng của Bộ Y tế. Định kỳ hoặc theo yêu cầu báo cáo của Ban chỉ đạo trung ương phòng chống tham nhũng về tình hình và kết quả phòng chống tham nhũng; công khai báo cáo hàng năm về công tác phòng chống tham nhũng, về hoạt động của Ban chỉ đạo và việc xử lý những vụ việc tham nhũng nghiêm trọng, phức tạp mà dư luận xã hội đặc biệt quan tâm. Ban chỉ đạo có trách nhiệm phối hợp với các ban của Đảng, các cấp ủy đảng trực thuộc Bộ Y tế để thực hiện các nhiệm vụ kiểm tra, đôn đốc công tác phòng chống tham nhũng trong các cơ quan tổ chức Đảng; kiến nghị, yêu câu cấp ủy đảng có thẩm quyền xem xét, xử lý kỷ luật đối với cán bộ, đảng viên, tổ chức Đảng có liên quan đến tham nhũng.
Theo đó chương trình hoạt động của Ban chỉ đạo phòng chống tham nhũng Bộ Y tế trong 6 tháng cuối năm 2008 sẽ tổ chức 6 Đoàn kiểm tra do các Thứ trưởng Bộ y tế làm Trưởng đoàn cùng các thành viên trong Ban chỉ đạo phòng chống tham nhũng tiến hành kiểm tra 5-6 bệnh viện, 3-5 viện nghiên cứu, 4-5 trường đại học/cao đẳng thuộc khối cơ quan Trung ương trực thuộc Bộ và 6-8 tỉnh đại diện cho khối địa phương thuộc 3 miền Bắc-Trung-Nam.